Neki parovi mogu da imaju razna klinička stanja koja doprinose neplodnosti i u isto vreme izazivaju seksualne probleme i disfunkcije.

Endometrioza

Ova bolest se javlja za vreme reproduktivnih godina, u vidu endometrioznog tkiva van materice koje može da izaziva bol i neplodnost.Endometriozne lezije , mogu da izazivaju abdominalnu bol za vreme odnosa, što je karakterizovano ne kao bol za vreme penetracije, več kao bol koji je izazvan od guranje penisa.

Hiperprolactinemia

Endokrina bolest koja dovodi do poremećaj menstrualnog ciklusa i gubitka ovulacije. U isto vreme pacijenti mogu da osećaju smanjenu seksualnu želju(ne samo kod žena, već i kod muškaraca).

Hipotiroidizam

Endokrini poremećaj kojeg karakterišu debljanje, depresivno raspoloženje i nedostatak energije.Takođe se može pojaviti amenorea i gubitak ovulacije, koje doprinose neplodnosti, a u isto vreme smanjeno nivo tiroidnog hormona može dovesti do smanjene seksualne želje.

Hronični karlično-inflamatorni poremećaj (PID) sa adhezijom

Neke žene razvijaju hronični bol u donjem abdomenu kao posledica predhodnih seksualno prenoslivih infekcija sa karlično upalnim poremećajem. Ovo može voditi do duboku dispareuniju (intenzivan bol prilikom odnosa).

Fimoza

Stanje kod muškaraca gde je prepucijum tesan oko glansa penisa (muškarci ne mogu da prevlače kožicu penisa nadole), pa mogu da osečaju bol i oticanje za vreme ili nakon odnosa.

Varikocela

Stanje gde su vene u skrotumu oko testisa proširene, i ponekad može da dovede do neugodnost prilikom seksualnog odnosa.